通勤手当＝賃金 交通費＝経費

似たような言葉に、通勤手当と交通費があります。
この２つの言葉を区別なく使っている方もいますが、労働法上は似て非なる別の物です。
労働基準法では通勤手当は賃金の一種であり、交通費は賃金ではなく経費です。

通勤手当は賃金

通勤手当とは労働者が会社に通勤するための運賃等を事業主が支払ってあげる定期券やお金です。
事業主が通勤手当を支払う法律上の義務はありませんが、多くの事業主は労働者のために支払って通勤手当を支払っています。
そして定期券の現物や定期券代などのお金を毎月同じ額で支払う場合、それは賃金となります。
毎月同じ額を支払うことで労働の対価としての意味合いが強くなるので、賃金とされるのです。
法律上支払い義務は無くても、支払う以上は事業主は通勤手当を毎月支払い続ける必要があります。
ところで通勤手当は賃金なので、労働保険・雇用保険・労災保険・健康保険・厚生年金保険の賃金額や報酬額を算定する際には通勤手当を賃金・報酬として算入します。
例えば6か月定期券を購入した場合、社会保険の算定の際は6等分して各月に算入します。

交通費は経費

交通費とは労働者が出張などで通常の事業所とは別の場所に出かけて仕事をする際の運賃等を事業主が精算するお金のことです。
領収書を労働者から提出させ、労働者が立て替えていた運賃等の実際にかかった費用の額を支払うものです。
業務命令で労働者に出張させるわけですから、その際にかかる運賃等は事業主が支負担しなければなりません。
労働者が立て替えていた経費の実費弁償なので、交通費は賃金ではなく経費です。
賃金ではないので、労働保険・雇用保険・労災保険・健康保険・厚生年金保険の賃金額や報酬額を算定する際には賃金・報酬として算入しません。

しかし領収書の提出や実費の額を正確に支払うことを省略して毎月一定額を自動的に支払うなど形骸化させてしまうと、行政や司法から経費ではなく賃金であると認定される可能性が高くなります。

原則自宅勤務で例外的に出社する時の運賃は通勤手当？交通費？

では、勤務地が原則は自宅で例外的にたまに会社に行くだけの場合の運賃は通勤手当でしょうか？
それとも交通費でしょうか？

原則自宅勤務で例外的に出社する時の運賃は交通費と就業規則に規定すれば経費

就業規則に就業場所は原則自宅であることと自宅から出社するときの運賃は賃金ではなく経費としての交通費であることを規定すれば、交通費とすることができます。

交通費も定期券を毎月購入すると賃金になる可能性

ところで原則リモートワークだったのが出社の割合が多くなり通勤定期券を購入したほうが安いし便利ということで定期券を購入することになったとします。
定期券を毎月購入すると毎月同じ額を支払うことになり、労働の対価である通勤手当と見分けがつかなくなります。
いくら就業規則で交通費を経費であり賃金ではないと規定しても、場合によっては行政や司法の場では賃金であると認定される可能性も出てきます。
この件労働基準監督署の労働基準監督官にも確認しましたが、一概にどちらとも言えない、との回答でした。
法的には通勤手当の支払い義務は無いことから、賃金でないことをしっかりと定義し領収書を毎回提出させていれば経費だと主張することができる可能性は高いです。
しかし逆に、社会保険の算定の場面では実質的に賃金であると認定される可能性もあります。
賃金なのか経費なのかきわどい場合はある程度不確実性を覚悟の上で事業所が決断し、就業規則や領収書や金額についてしっかり運用するしかないと思います。
或いはトラブルを避けるためにより保守的に、一定額の交通費を定期的に支払う場合は賃金として算入してしまうほうが楽なのかもしれません。

厚生労働省の通勤手当についてのPDFはこちら